異種原子とは、原子を構成する素粒子の一つ以上が同じ電荷を持つ別の粒子に置き換わった原子のことである。例えば、ミュー粒子や負電荷を持つパイ中間子に置き換わることがある。これらの粒子は非常に不安定な場合が多いため、異種原子の半減期は非常に短い場合が多い。