黒書院（くろしょいん）は江戸時代に大名や高僧などの殿舎に作られた書院造りの建物で、黒木造の書院をいう。
江戸城の黒書院では、徳川家光以後は将軍の日常的な対面の空間であり、御三家、加賀前田家、越前松平家や老中など、上位の大名との面談の場であった。将軍と諸役人との特別な対面では黒書院が使われることがあった。「お城碁」は徳川将軍の前で碁を打つが、場所は黒書院が原則であった。黒書院には、上段、下段、西湖之間、囲炉裏之間の4部屋があった。黒書院の上段、下段、西湖之間には、墨絵による山水画が描かれており、上段北面には畳床と違棚が作られた。