函館新幹線総合車両所(はこだてしんかんせんそうごうしゃりょうしょ)とは、北海道亀田郡七飯町と北斗市にまたがって所在する北海道旅客鉄道(JR北海道)の車両基地である。
JR北海道が保有する新幹線車両の日常検査から全般検査までを一手に担う車両基地。乗務員が所属している函館新幹線運輸所と保守基地も併設されている。
2022年(令和4年)3月に発生した福島県沖地震で脱線して廃車となったH5系H2編成のうち6両が職員の教育・訓練用機材として構内で利活用されている。