保健室登校（ほけんしつとうこう）とは、学校へ児童・生徒が来るが、自身の所属する学級のホームルームへ行かず、保健室や図書室で終業までを過ごすことである。
いじめの被害に遭ってホームルームへ行く事が出来ない、心理的不安、対人関係の問題が主な原因となる。不登校の一歩手前の状態なのか、逆に不登校からとりあえず保健室登校が出来るまでに回復したかは場合による。
なお保健室登校を出席として扱うかどうかは校長の裁量に任せられており、校舎内の大人の目の届くの所に居るのだから出席と見做す学校もあれば、授業を受けていないのだから欠席として扱う学校もある。